O Canhão da Nazaré não esconde só o segredo para a formação das maiores ondas do mundo. A 20 de Maio de 1945 afundou-se ao largo da costa nazarena um submarino de guerra alemão, o U-963. De acordo com os registos que existem, na madrugada desse dia, e no rescaldo da 2ª Guerra Mundial, marinheiros alemães surgiram num barco de borracha na praia da Nazaré a pedir auxílio para os restantes tripulantes, que foram resgatados pela barca salva-vidas da Capitania antes do submarino ser afundado pelo próprio comandante. Muitos nazarenos testemunharam o episódio.
O submarino, com mais de 67 metros de comprimento, que era conhecido como “O Berço”, partiu da Noruega em Abril de 1945, com a missão de largar mísseis no Canal da Mancha que tinham como alvos os navios britânicos e aliados, mas no caminho a tripulação foi informada que a Guerra Mundial havia terminado na Europa. Em vez de se renderem num porto na Grã-Bretanha, os alemães preferiram navegar até Portugal e afundar o submarino. Foram detidos no forte de Peniche e depois entregues aos britânicos. Só voltaram à Alemanha em 1948.
Hoje continuam a ser desconhecidos os segredos que o U-963 escondia já que as expedições efetuadas ao local terminaram sem êxito devido à fraca visibilidade do local, concentração de sedimentos e força das correntes. É aproximadamente a 500 metros sul/sudoeste do forte de São Miguel Arcanjo, a cerca de 100 braças de profundidade, que o submarino se encontra.